东晋元兴三年（公元404年）春，也就是桓玄篡位后三个月的一个清晨，行动开始了。（
强占：总裁好凶猛）何无忌带着一百多人来到重镇京口，诈称朝廷使节到了，骗开京口城门，直冲府门，立斩地方领导桓修，占领了京口重镇。
老仇人刁逵的兄弟刁弘带着军队前来攻城，刘裕登上城门做开了思想工作：“晋安帝已经在寻阳复辟，今奉密诏消灭逆贼，难道你们不是大晋的臣民？到这里干什么？”
刘裕的一番言辞，震慑了所有的人，刁弘抱头而去。
同一天，刘裕的弟弟刘道规、部下小弟孟昶、刘毅等人在广陵下手，剁了桓修的胞弟，青州刺史桓弘，夺取了府库辎重，集合了守军，然后南渡长江在京口和刘裕会合，共推刘裕为盟主。这一群江湖黑社会歃血为盟，共同匡复王室，随后进军京师，同时向各地发出讨伐桓玄的檄文。
刁弘跑了一阵儿觉得不对劲，就那么几个人咋把我吓成这样！率军掉头返回，准备进京口砍人，谁想到恰恰碰到刘毅的大军，刚刚一个照面，刁弘就被剁了。（
丫头你被算计了）
刘裕发布命令，任命刘穆之为主簿，赞划军事。
刘裕的眼光很毒辣，没有看错刘穆之。
刘穆之是汉朝齐王刘肥的后人，饱读诗书，诡计多端。刚一登场，他就拿出了一整套的行动计划，建议任命孟昶为长史，防守京口根本之地；然后迅速征集侨民入伍。
刘裕迅速召集了一千七百名将士，向建康推进。在沿途发布假消息，晋安帝已经复辟，天下各州刺史纷纷带兵勤王，桓玄的兔子尾巴长不了了。
刘裕公然造谣，无非是搅混水，管你信不信，只要怀疑就成。
刘毅之兄刘迈怯懦，在京城接到刘裕等人密信后，惊吓过度，手持密信向桓玄自首。桓玄看过信后大惊，立封刘迈为重安候，派出杀手斩杀与刘裕有联系的王元德、童厚之等人。（
高科小说网）第二天一早，没有睡好觉的桓玄改了主意，让小弟剁了刘迈。刘迈这个侯爷创造了吉尼斯纪录，不过十二个时辰，也就是一整天。
眼见天下大乱将起，而自己正是风暴眼。桓玄吓得夜不能寐，鲍鱼都吊不起胃口。桓玄思来想去，外人是用不得了，还是家里人安稳，任命堂兄桓谦为征讨都督，以姐夫殷仲文代领桓修军职，派手下悍将吴甫之、皇甫敷率小弟抵挡刘裕的大军。
桓谦等人要求马上齐集大军先发制人，一战击溃叛军，桓玄以持重为由，不从。其左右小弟纷纷劝解：“刘裕乌合之众，势必无成，陛下何必如此忧虑。”
桓玄此时还没昏了头，掏出了心里话：“刘裕是当世英雄，有多大本事不用说了；刘毅家无隔夜粮，赌博一掷百万，是响当当的赌徒；何无忌酷似其舅刘牢之，斩将搴旗锐不可当。此三人共举大事，谁敢说无成！”
一语成籖，果然让桓玄说中了。（
最强战兵）吴甫之率军在江乘（今江苏句容）和刘裕的军队开战。刘裕手持长柄大刀亲自上阵，一个回合就将吴甫之剁了，然后带着腿快的追击到罗落桥。刘裕等人在这里遭遇到了皇甫敷的军队，檀凭之战死，刘裕被困于大树之下。皇甫敷得意洋洋的上前问道：“想好了咋死吗？”
刘裕面无惧色，挥刀就砍，吓得皇甫敷掉头就跑，让小弟动手将刘裕剁了。这时，后续的援军到了，将皇甫敷的军队击溃。刘裕一直盯着皇甫敷不放，趁乱上前，一刀将他剁为两段。
桓玄得知二将被杀，军队逃散，吓得魂不附体，急忙召来一些方士对刘裕等人施行巫术。并询问小弟：“朕会失败吗？”
曹靖之毫不客气的回答说：“人神共愤，臣实在害怕。”
什么时候了，说几句好的会死啊！桓玄已经没有心思和小弟生气，刘裕够让他窝心的了。想来想去，指望神灵怕靠不住，还得自己想办法。（
总裁专属·宝贝，嫁我吧）命令桓谦、卞范之率小弟二万坚守覆舟山（今南京太平门附近），阻击刘裕的军队。
实际上，刘裕刚刚起步创业板，虽然闯关成功，手下的小弟尚不满两千人。在兵力对比上，桓玄的军队占有绝对优势。这时候不前进攻击，而是选择退守，说明害怕到极点，而在拼命之中，胆小的必然失败。这就鼓舞了观望的江湖大佬倒向刘裕，桓玄败象已定。
刘裕是赌徒出身，知道什么时候该孤注一掷，命令小弟大吃大喝一顿好的，然后就将军粮扔了。刘裕这么做可不是败家，作为穷人家的孩子，他比任何人都珍视粮食。他是让小弟们明白，打败了敌人，敌人的军营有红烧肉管够，如果输了，以后也不用吃了。进至覆舟山下，刘裕先派羸弱之兵多带旗帜登山，隐蔽在树林之中，时不时的露一露面。然后把军队分成无数小队，数道并进，布满山谷。
桓谦得报，真的以为刘裕“军士四塞，人多无数”。（
招惹大牌女友）这就把桓谦吓得六神无主，胆气先就输了。
进攻的战鼓擂响，在山谷之中地动山摇。刘裕、刘毅身先士卒，光着膀之，拎着大刀片顶着盾牌第一个冲锋。榜样的力量是无穷的，手下将士皆死战前冲，蹈白刃而足不旋踵，无不以一当百，呼声震天动地。
桓谦所统军士，大多是北府兵旧人，家属大多在京口，以前大多受过刘裕指挥。刘裕有江湖流氓匪气，御下有恩，对小弟很照顾。这些人谁也不愿意和老领导玩命，因此不战而降。一方不计生死的拼命，另一方面却人无斗志，这仗的结果怎么样，你猜。
桓玄似乎已经预见了自己的失败，在派遣桓谦等人出战的同时已经作好逃跑的准备，让殷仲文在石头城附近预留数艘大舟。接到桓谦败讯，桓玄率亲兵数千人，带着儿子桓升和侄子桓浚两个孩子，以赴战为名，从南掖门往外逃奔。
途中，桓玄的小弟胡藩扣马进谏，逃跑不是办法，拼死一战才有出路，何况陛下尚有荆州精锐没有动用，完全可以一战。桓玄斗志全无，以手指天，大意是天亡我也。然后挣脱了小弟，鞭马而走，跑至石头，他坐上船就跑，荆州带来的部队都不要了。由于逃亡仓猝，没有来得及准备吃的，在江水中扯帆前进，不敢靠岸，众人一天都没进食。夜间，左右小弟进献不知哪里化缘来的粗米饭一碗，桓玄惊惧交加，竞不能下咽。其子桓升才六岁，“抱其胸而抚之”。这场景够惨的，桓玄“悲不自胜”。
朝廷的百官在建康东门热烈欢迎刘裕，刘裕被朝臣推举为镇军将军、徐州刺史、使持节都督扬、徐八州诸军事。
刘裕美丽蜕变，成为了朝廷的三品大员，名正言顺的执掌了北府兵帅旗。能够坐镇建康，指挥调度全国的平叛。
刘裕挖到了人生的第一桶金，很少的投资就得到了巨大的收益，在大胜之后，以胜利者的姿态进入都城建康，下令焚烧桓温神主，把桓氏没有逃离的亲属全部捕杀，一个都没有放过。为了让人民相信自己是正义的，宣称受晋安帝密诏，任命武陵王司马遵为侍中、大将军，暂行皇帝的一切权力。
桓玄兵败，刁逵也被牵连，这小子是东晋大臣刁协之孙。曾经任广州刺史，领平越中郎将，出身于官宦世家。但这小子不重名节，喜欢自由经商，放高利贷，广置田产达万顷，奴婢至数千人。桓玄叛晋称帝，任命他为西中郎将、豫州刺史、镇守历阳。刘裕攻进石头城，他知道大难临头，临阵逃跑，被手下的小弟抓了，送给了刘裕。刘裕公报私仇，刁家一族，几无遗漏，都遭到灭门，把刁氏万顷土地和大量家财分给贫民，一雪当年被绑在马桩上示众的耻辱。
当年四月，那是农历，相当于现在的六七月份，江南正热的时候。桓玄一行逃到江陵，荆州刺史桓石康迎入帐内。喘息未定，即忙着派人在城南搭造帐篷作为临时宫室，重新署置百官，以卞范之为尚书仆射。又大兴刑罚，借以在大败之余重树个人威权，震慑百官将士。大臣殷仲文力谏，让他收敛一点儿。桓玄怒气冲冲地说：“汉高祖、魏武帝用兵多次战败，那只是诸将的过失。现今天文对我不利，所以把都城迁回荆楚。而小人愚昧，妄生是非，乱发议论，正应该狠一点儿，这时候还要什么仁慈！”
荆州各郡的郡太守们得知桓玄流亡，有的跑路了，也有看不清形势的，赶紧献媚取宠，派人上表敬问起居，桓玄一概不接受，命令重新上表，庆贺迁徙新都。
荆楚毕竟是桓玄的老巢，拥护者不少。不出一月，桓玄收集小弟二万多人和大批的楼船、器械，股本又丰厚了。桓玄好了伤疤忘了疼，又开始得意起来，自负地对左右说：“你们都是从清显的仕途上跟随我的，京都那帮窃权盗位的人将要谢罪军门，到时看着你们凯旋进入石头城，这与神仙相比，又有什么不同！”
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