就在桓玄得意时，刘裕派遣刘毅、何无忌、刘道规率兵追至湓口，桑落洲一战，晋军大败江州刺史郭昶之、游击将军何澹之、江夏太守桓道恭等人的杂牌军，进军至寻阳。（
盛世军婚）桓振、郭铨、何澹之、郭旭等人数道皆败归。不愤之下，桓玄自率战舰二百艘，以苻宏、羊僧寿为先锋，前往峥嵘洲（今湖北鄂州江上），与刘道规率领的晋军决战。
当时，刘道规率领的晋军不足一万人，而桓玄却有数万兵力。敌强我弱之势明显，晋军将士恐惧，意图退守寻阳。刘道规决然说道：“不可以！敌众我寡，强弱之势分明，现在如果畏缩不敢前进，必然会给敌人可乘之机，我军即使撤退到寻阳也未必能守得住！桓玄虽然被称为英雄豪杰，其实就是一个懦夫。现在他兵败出逃，军队士气低落。两军决战，杰出的将领就是胜利的保证，这和人数多少没关系。”于是率先领兵进攻。
刘道规说的没错，桓玄军队虽然占有压倒优势，但他内心怯懦，大战前即在指挥舰旁停靠了两艘便于逃跑的小船。手下的小弟知道了，人心尽丧，根本没有斗志。
一个人到了最后关头，就要有赌徒的心理，如果不放手一搏，那么就满盘皆输了，因为你的敌人绝对不会放过你。（
重生女王倾天下）没有必死之心，必有取死之道。这不是什么了不起的大道理，人生经验而已，古来如此，至今依然。所以，人不能惹事，躲得八百里才好，但一旦有事，就一定不要怕。可惜，学问五车的桓玄，竟然不懂这样浅显的道理。
双方交战。刘道规命令军士乘风纵火，奋勇冲杀，不要命地冲杀而来，受到刘道规勇敢的鼓舞，一直犹豫的刘毅等人随后率军跟随。
在晋军不计生死的拼命进攻之下，桓玄手下的军队士无斗志，抵抗乏力，被打得大败，桓玄无奈，下令烧掉辎重连夜逃遁。看到大势已去，桓玄手下的小弟郭铨、殷仲文相继投降。桓玄逃返江陵，大将冯该劝他出城复战。桓玄一咬牙一跺脚，率领小弟出城砍人，还没有看到敌人的影子，心里的害怕就抑制不住，再次逃回江陵城。跟着这样的银样镴枪头混还有什么前途，手下的小弟人心惶惶，纷纷逃跑，老板的军令不行，城内一片混乱。
桓玄几乎输掉了裤子，走投无路，打算逃往汉中投奔梁州刺史桓希。（
官场之财色诱人）六月十五日深夜，收拾停当，率亲近心腹小弟数百人骑马出城西走，刚刚到达城门，一把快刀在月光中划过，直接向桓玄的脖子上砍来，黑夜之中准头太差，没有砍中。静悄悄的队伍顿时大乱，小弟们也不知道是谁下的手，害怕自己也被剁了，拔出刀护住面门，只要是靠近的，不管是敌是友，一律剁了，于是，狭窄的城门成了修罗场，死尸交横于路。
桓玄勉强得命，逃到座船，天已经放亮。当时，益州刺史毛璩的弟弟毛璠病亡，其孙毛佑之与毛璩的参军费悦送丧回江陵，一行有二百多人，乘坐几艘大船，恰好停泊在桓玄的坐船不远处。桓玄身边的屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，眼见大势已去，很想拿桓玄当作头功的筹码，于是劝诱桓玄进入蜀地避难。这是一个不难思考的问题，换了谁都不会答应，奇怪的是，“桓玄从之。”
人要是找死，别人是拦不住的。桓玄称帝后，首倡义旗讨伐他的就是毛璩，危急之时，竟然听信毛氏族人，自己前去送死，这不是尿憋的吗！果然，毛修之早已和毛佑之等人打好招呼，设好了陷阱。（
继承者：纨绔二小姐）桓玄一行人傻乎乎的向益州军船驶来。眼看进入了射程，毛佑之命令手下小弟放箭，迎击桓玄，毛修之一个猛子扎进水中，一顿狗刨跑了。箭矢漫天飞舞，仿佛疾风暴雨，桓玄身边两个太监很忠勇，奋不顾身的掩护老板，被射得刺猬一般，登时身死。桓玄身中数箭，血流不止。他六岁的小儿子桓升一面哭，一面用小手拨去父亲身上的羽箭。
两支船队靠近，益州护葬军士中一个叫冯迁的小头目很勇悍，第一个跳到桓玄船头，拎着大刀往前冲。桓玄忍住巨痛，拨出头上价值连城的玉导，递向冯迁，打算贿赂他，看他似乎没有要的意思，于是喝问：“你是何人，敢杀天子！”
冯迁没工夫请安，纵声大呼：“我是来杀天子之贼的！”大刀抡圆了，霹雳闪电般落下，桓玄的脑袋滚落于甲板之上。
桓玄死了，一个英雄的故事画上句号，他从称帝到兵败出逃，共经八十天，从称帝到被杀，前后不到半年，可以说其兴也勃，其亡也速，死时年仅三十六岁。同船的小弟桓石康、桓浚均被冯迁剁了。桓升虽是孩子，气度不让大丈夫，眼见周围父亲、叔叔、堂兄的人头滚滚，敌人纷纷登船，依然保持着气度，怒喝道：“我是豫章王，诸军勿见杀”。（
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益州兵将凶狠残忍，杀人不眨眼，见到一个孩子如此镇定，冷静超过了七尺男儿，当时就很震撼，均没敢动手。这孩子，也算给桓玄长了脸，不至于见到老爹桓温无话可说。少年犯桓升没有受到优待，被当做朝廷要犯押解到江陵，被刘裕下令斩首于江陵闹市。
虽然桓玄已经走进了历史，但是，桓家的故事没有结束，桓谦、桓振仍然在战斗，而且，他们手里有一张牌，晋安帝兄弟掌握在他们手中。安帝比较倒霉，桓玄被杀，安帝复辟为皇帝，暂时寄居在江陵。但好景不长，六月二十六日，桓玄的扬武将军桓振率军突袭，攻陷了江陵，安帝被俘。
听闻桓玄死讯，桓振提剑，闯入晋安帝的住处，怒向安帝喝道：“臣一门何负国家，而屠灭若是！”
这一句可是对牛弹琴，白痴皇帝晋安帝呆望桓振，一句话不说。在一旁伺候的傻皇帝的兄弟司马德文连忙向桓振施礼，陪着小心说：“我兄弟怎么能干这事！”
桓振一想也是，这事儿跟他们没有一毛钱关系，自己找错地方了。（
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不久，听闻孩子桓升又被杀于闹市。桓振终于忍不住了，你们杀我兄弟，我就剁了你的兄弟，又要杀安帝兄弟。但他的杀人计划还没有等到实施就夭折了，因为桓谦不同意蛮干。
桓振是桓温亲侄桓石虔之子。桓石虔小名镇恶，少年时诸将射虎，开玩笑让桓石虔拔箭，这小子真的从受伤怒跳的猛虎身上亲手拔出数箭，吓得桓温的小弟目瞪口呆。桓温带兵入关讨伐前秦老板苻健，桓石虔竞以单骑冲入前秦万人军中，救出被围的叔父桓冲，“三军叹息，威振敌人”。桓振有其父风，果锐敢斗，但暴横无行。
桓玄被斩后，桓振聚众攻陷江陵，挟持安帝，慨叹道：“公昔早不用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定。今独作此，安归乎！”自称都督八州军事、镇西将军、荆州刺史。
桓谦是桓玄的叔伯兄弟，他也不是和傻皇帝有感情，这么做也是无奈之举。现在大势已去，老板死于非命，总得又一个筹码保命，而傻皇帝的分量不轻，剁了太可惜了。桓振与叔父桓谦商量了一阵，觉得拉大旗作虎皮也不错，于是以傻皇帝安帝为主，把国玺奉还晋安帝，请他正式复位，“还政于晋”。自为荆州刺史。
东晋义熙元年（公元405年）正月，桓振挟持晋安帝至江津（故城在今湖北省江陵南），提出以割江、荆二州为条件，奉还天子。现在的局势变了，桓家已经没有资格叫牌，刘裕当然不能接受这个条件，派出大军扫荡。由于桓振勇武，刘裕派去的大将鲁宗之被打得大败。不久，刘毅等人击败桓玄的小弟冯该的残部，桓谦匹马逃走，众人迎安帝反正。
桓振收拾溃军，复袭江陵，败中取胜，竟能大败东晋宗室司马休之的主力。不过，强弩之末，势不能穿鲁缟，最后，桓振身边仅剩数十人。就是如此，这小子也不服输，仍与晋将索邈大战于沙桥。“振虽兵少，左右皆力战，每一合，振辄瞋目奋击，众莫敢当。”
数千大军竟奈何不了区区几十个流寇，晋军够怂的！估计是内心深知日暮途穷，悲观失望，桓振数战之后，以酒当水，痛饮完毕，又乘醉突阵。晋军这回学乖了，谁也不上前短兵相接，一齐放箭，桓振身中数创，仍前冲不畏，斩将搴旗，无人敢挡，最后，这位桓家最后一个纯爷们也战死于沙场。桓谦听说桓振败亡，觉得江南再无容身之地，奔于后秦。
桓氏亲族中，因桓冲忠于晋室，故特免他的孙子桓胤之死，流放到新安郡。不过，他的苦难远没有结束，因为他碰到了何无忌。
何无忌忠贞坚定，但意气用事，每当有人做事不合其心意，情绪就会显现在其说话和神态上。殷仲文弃暗投明，做了东阳太守。殷仲文文章写得好，为世所重。谢灵运曾经评价说：“文才不减班固。”何无忌十分仰慕殷仲文，急于向他讨教，可是一直没有机会。
东晋义熙三年（公元407年），殷仲文出公差，答应顺道拜访何无忌。何无忌非常高兴，命令文人殷阐等人撰写义构文，以等待殷仲文的光临教导。没想到殷仲文把这事给忘了，办完事就走了。何无忌认为殷仲文瞧不起自己，让自己在小弟面前丢尽了面子，于是大发脾气，想一想不解恨，就向刘裕打小报告：“桓胤、殷仲文是心腹之患，南燕对比起来不足为忧呀。”视消灭他们比对付当时南侵的南燕更重要。
这句话让刘裕记住了，当年闰二月，刘裕府将骆冰因谋反而被杀，其父骆球与殷仲文、殷叔文等皆被指谋反而被诛杀，而桓胤亦被指是殷仲文阴谋拥立的桓玄继承者而被杀害。经历桓玄之乱，桓玄的叛变终于摧毁了东晋的皇权，刘裕成为东晋举足轻重的人物，为南朝宋的建立奠定了基础。东晋的国祚，也马上要走到尽头了。
桓玄的出生很灵异，他的死也带有宿命色彩。据说，元兴年间衡阳有母鸡变成雄鸡，八十日后鸡冠却萎缩了。后来桓玄建立楚国，衡阳郡亦在十郡以内，而自桓玄即位至败走建康，也大约是八十日。当时亦有童谣：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”郎君即司马元显，桓氏则于东晋元兴三年（公元404年）因桓玄败死而遭诛杀。
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