因为五斗米教已成燎原之势，东晋朝廷大惊失色，紧急调派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之率领北府兵迎战。（
史上最强军宠：第一政要夫人）
刘裕已经从军有些日子，因为能打，获得了提升，在刘牢之的军队中担任参府军事，随军开往前线。
东晋隆安三年（公元399年）十二月，东晋大佬谢琰率军进攻叛军占据的义兴，义军占据了必经之路阻挡官军前进。
刘牢之命令刘裕率领数十人侦查义军的行动。刘裕领着几十名弟兄悄悄的进庄，正好遇到数千名义军。正常的情况下，这时能跑多远就跑多远，头都不要回。可是刘裕不干，主动上前找茬，“即迎击之，从者皆死，裕坠崖下，贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之，贼皆走，裕所杀伤者甚众。”
刘牢之的儿子刘敬宣素来和刘裕臭味相投，听说刘裕出发了很久，至今没有消息，担心他受到伤害，也不跟父亲打招呼，点齐了本部军马出去寻找。走在路上，听到前方人声鼎沸，杀声震天。刘敬宣放开马跑近了一看，但见刘裕一个人挥舞着长刀追着好几千人砍，跑得慢的就让他剁了，被砍的没有敢回头的。
那个场景，就像一匹疯狂的饿狼追逐着一群瑟瑟发抖的绵羊。
刘敬宣看得目瞪口呆，不相信这是真的，这小子不是疯了吧！可那几千个人也不可能一起疯了，如果真有疯的，那一定是自己。（
死神之无影刀）回过味儿来，立刻下令攻击，晋军尾随着刘裕的脚步前进，一战消灭了义军一千多人。
刘敬宣是名将之后，懂得打蛇随棍上的道理。当时的情况根本不允许回营报告，挥动自己的军队，追随着败兵的脚步，全力攻击孙恩的大营。
孙恩的军队遭到了猝然的袭击，阵脚大乱，死伤惨重。这时，孙恩得到了情报，谢琰即将率领东晋官军渡过钱塘江，于是孙恩带着二十多万百姓向东逃去。在逃跑的路上，他总算展现出了一些智慧，一路上丢下许多财物妇孺，等随后赶来的官军们看到了，沿途竞相抢夺，这一下给孙恩争取到了时间，他终于带着亲信和子女顺利逃到了海岛。
刘裕的处女秀取得了圆满的成功，至今仍然是最伟大的传奇。
孙恩败退海岛之后，烽火燎原的农民起义归于沉寂。但是，东晋朝廷害怕孙恩东山再起，采取了防范措施。任命谢琰为会稽内史都督五郡军事，率领徐州籍将士镇守沿海，防备孙恩卷土重来。
谢琰是一代名相谢安之子，曾经在淝水之战中立下大功，有功于朝廷，无论资历和名望都在会稽都极有地位，当时议论的人都认为他必定能安定当地。但是，这一次，东晋朝廷看走眼了。谢琰为将优秀，担任统帅却是不合格的。（
别那么骄傲）到任以后，谢琰的富家公子的毛病犯了，没有采取必要的防范措施，整天的饮酒玩乐，致使沿海军备松弛，“及至郡，无绥抚之能，而不为武备”。
将帅们看到了危险，纷纷劝说：“强贼躲避在海岛，寻找着反扑的机会。应该宣扬仁义，让这些人改过自新。”
谢琰是名将子弟，根本就看不起这些没文化的土流氓，不以为然说道：“苻坚百万大军，尚且送死淮南，何况孙恩走投无路躲藏在海岛，他还有什么本事复出！”
谢琰的无为而治是如此的不合时宜，这就为孙恩的反击打开了一条康庄大道。
孙恩抓住了战机，在东晋隆安四年（公元400年）五月，起义军从浃口（今浙江甬江河口）登陆，迅速出现在余姚城下，然后攻克上虞，兵锋直指会稽等地。
孙恩兵临会稽，谢琰才知道了消息，尚未吃饭就要出战，“要当先灭此寇而后食也。”先遣广武将军桓宝为前锋，官军出战，杀敌甚多。首战告捷，晋军急于扩大战果，谢琰在河塘之间的窄路行军，为孙恩军在船舰中射箭攻击，谢琰军队因而前后断绝，在千秋亭附近遭到了孙恩大军的阻击。正在谢琰苦苦支撑的时刻，谢琰帐下督张猛从后砍杀谢琰的战马，谢琰堕地被杀，二子谢肇和谢峻亦同时遇害。领导一死，没了领头的，数万大军崩溃。（
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对于帐下督张猛为什么暗算自己的领导，没有找到证据，个人恩怨的可能性极小，毕竟，闹着玩不能下死手。帐下督张猛就是混进革命队伍之中的五斗米教教徒。毫无疑问，后者的可能性无疑更大一些。后刘裕在左里大捷证明了这一点，他在击溃了孙恩的军队之后，生擒了张猛。
刘裕没有处置张猛，而是将他送给了谢琰最小的儿子谢混。谢混“刳肝生食之。”
谢琰的死为东晋朝廷敲响了丧钟，意味着东晋士族丢掉了手中的权力，从此，北府兵完全掌握在刘牢之、刘裕等人的手中。在以后，刘牢之一死，刘裕一枝独秀。当然，这是后话，现在说来还早。
在这一年，义军与东晋官军继续激战，并一度逼近建康，攻破广陵（今江苏扬州）。东晋朝廷震惊，命令刘牢之统帅北府兵、都督浙东五郡兵马攻击义军。在北府兵凶猛的攻击之下，起义军给养困难，加以疫病流行，“死者大半”，于是，孙恩再一次退入海岛。
刘牢之率领主力驻扎在上虞，命令刘裕防守句章城（今浙江宁波江北区），担任守军的头。
句章城不过就是一个小城堡，守军不足一千人，处在战线的突出位置，很多人都认为，刘裕马上就会成为烈士。虽然身临死地，但刘裕没有推脱，把这里当成了磨练意志的训练场。（
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东晋隆安五年（公元401年）二月，孙恩再一次率众自浃口（今浙江镇海）进攻句章。面对强大的敌人，刘裕没有进行相对保险的防守，而是主动出击，身先士卒，每战都摧其锋锐，致令孙恩无法攻下句章，反为刘牢之的援军所败。孙恩无奈，只好放下这块嚼不烂的骨头，在三月间率部进攻海盐。刘裕受命出击，因为本部兵马过少，无法进行野战，抢先一步在海盐旧址筑城防守。
孙恩看到了刘裕实力不足，于是率大军进攻。刘裕出道以来，就没当过缩头乌龟，不管是敌人来多少，一定是要迎头痛击。这次也照例没有进行防守，而是选择了进攻。挑选胆大敢玩命的将士数百人，将甲胄脱下，光着膀子，手持短刀出战。
在战鼓的轰鸣声中，刘裕亲自率领敢死队进攻，一刀剁了义军大将姚盛。浑水摸鱼的都怕玩命的，义军的士气在一瞬间就丢掉了，狼狈的丢盔弃甲而逃，跑得慢的死于非命。
刘裕再一次创造了以少胜多的奇迹，但是，义军在不久之后卷土重来，继续围困海盐。
刘裕觉得这么熬下去不是办法，眼睛一转想到了一个鬼主意。在一天深夜之中，命令部下将城头的旗帜扯下来，将精锐士卒藏匿起来，城头上派了几个老弱病残，一走路直打晃的士兵站岗。
第二天一早，义军又来攻城，看到城头上的几只病猫，觉得很奇怪，于是扯着嗓子问这是怎么回事。（
都市超级兵王）城头上的老兵无精打采的回答说：“夜已走矣。”
这么一个漏洞百出的圈套让义军信以为真，由此可见，这一群流氓根本就没有什么智慧，刘裕能把他们玩弄于鼓掌之间也就不足为奇了。义军以为得到了抢劫的好机会，于是争先恐后的向城内涌去，打算捡点儿洋落儿。
义军刚刚进入城内，刘裕的小弟关闸落锁，然后伏兵尽出，密如狂风骤雨的箭矢漫天飞舞，一片一片的射倒捡洋落的，然后就是短兵相接，义军被打得大败，死伤枕籍。
孙恩中了刘裕的奸计，死了不少信徒，终于知道这小子不好惹，于是率军撤退，向别的地方进军。刘裕看到孙恩退兵，当即舍弃了海盐，挥军追击。
五月，孙恩率军攻陷了朝廷重兵防御的沪渎垒（今黄浦江下游），杀掉了东晋朝廷的吴国内史元淞，然后屠城，斩杀兵民四千余人。
刘裕率军尾随而至，在娄县（今江苏昆山东北）消灭了一支义军，但这些兵力的损失，对于家大业大的孙恩来说，实在是不值一提。
六月，南方骄阳似火，太阳热情的烘烤着南国的地面。孙恩拥兵十余万，楼船千余艘，沿长江逆流而上，袭取丹徒。
丹徒是建康的门户，一旦丢失，江南不保。朝廷大为震惊，内外戒严，急调军队防守都城。
刘牢之率军驰援，在山阴拦截义军，然而，山路难行，还没有赶到预设阵地，义军主力已经越过了山阴。看着叛军远去的帆影，刘牢之无奈，急令刘裕率军增援丹徒。
刘牢之知道，刘裕军队不足千人，连日血战，人困马乏，本不应该承担如此沉重的任务，但丹徒守军已成惊弓之鸟，没有斗志，根本就不能指望。国家的唯一希望就在刘裕的肩上。
刘裕得到了命令，立刻率军投入战斗，但他还是慢了一步，孙恩的数万大军已经抢先占据了战略要地镇江之蒜山。
蒜山是一座历史名山，民间俗称为云台山，古名蒜山，以出山蒜著名，至今山上至今仍多的野蒜，株微细，似韭叶，根部如蒜，独头，可食用，蘸大酱最好，当然是东北的农家大酱。山下是长江的古渡口，那时叫蒜山渡，诸葛亮曾经在这里策划了赤壁的那场大火。
蒜山地势险要，易守难攻，没有敌人数倍的兵力是不能进攻的。刘裕可不管那些，也管不了那么多，他手里就这么几个人，想要更多人也没地方淘弄去，而这仗不能不打。到了山前，刘裕简单的看了一下地势，立刻驱动军队攻击前进。刘裕拎着大刀带头前进，谁挡着就剁谁，手下的军队奋勇攻击，人人奋勇，以寡胜众，一战击溃了孙恩的主力，将义军压缩在狭小地域。义军陷入了绝地，跳悬崖、投水自尽的无计其数。
刘裕占据了蒜山天险，挡住了义军进攻建康的道路。孙恩遭到了空前的惨败，无奈之下退到了船上。孙恩不甘心失掉唾手可得的胜利，打算继续进攻建康，夺取东晋朝廷的首都。
在长江沿岸，朝廷后将军司马元显率军阻击义军，被义军轻描淡写的就给打败。但因为义军的楼船行动迟缓，数日之后才到达白石磊（今南京市西）。因为刘裕的阻击，义军登陆蒜山，然后陆路攻击前进的计划泡汤，被迫走水路，贻误了战机，刘牢之率领北府兵追随而来。
北府兵的到来，形势彻底逆转，建康已经无法攻克。孙恩率军避开了北府兵，向北方攻城略地。
当年八月，朝廷任命内战有功的刘裕为建武将军，下邳太守，统帅水军追击孙恩的义军。
刘裕终于混大了，掌管了朝廷的水军，能够独自进行大的战斗。刘裕意气风发，率军攻击义军，捷报频传，孙恩的义军屡战屡败，折损了一万多人，不得不退出了长江沿岸，再一次逃到海岛躲藏。
东晋元兴元年（公元402年）三月，孙恩进攻临海（今浙江临海），被临海太守辛景率军击溃，孙恩害怕被俘，乃赴海自沉。五斗米道信徒认为他已成“水仙”，投水从死者百有余人。
孙恩事件给了朝廷很大的打击，都督朝廷军事的谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族失去了控制朝廷的权力。这就给出身贫寒的刘牢之、刘裕等北府兵将领提供了上位的机会，意味着豪族的第一块多米诺骨牌倒塌。
动乱之后，地方百姓盼望官军尽快收复失地，还百姓和平。但让他们失望的是，朝廷的军队没有比孙恩的军队更乖，如狼似虎的抢劫，大发国难财，搞得十室九空。百姓们无比失望，拖家带口的躲藏到深山老林，以至于各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。在一片兵荒马乱的萧瑟之中，唯有刘裕统辖的军队军纪严明，秋毫无犯，因此一路上受到百姓的欢迎，从而名声鹊起，获得了广泛的民意。
公平的说，每一个成功都是有原因的，没有人随便就会成功——至今都没见过天上掉下过馅饼。如今的刘裕战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。
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