东晋隆安五年（公元401年）岁尾，桓玄写信指斥朝政说：“今日朝廷显贵，谁是时流清望？岂能说没有出类拔萃的，只是朝廷不能信任。（
虫族帝国）因为过去朝政的失误，才酿成今日之祸患。朝廷上的君子，怎能没有看法！但因有身家性命之虑，故不敢说话。我在朝廷之外任职，所以能揭露事实。”
这是明晃晃的人身攻击，没有任何的掩饰。司马元显读后大为恐慌，觉得这小子步步紧逼，早晚要惹祸，于是决定征讨桓玄。桓玄的部下、武昌太守庾楷则担心桓玄结怨朝廷，一旦失败而祸及自己，暗中派人与司马元显联系，答应作为内应，司马元显大喜，更加坚定了解决桓玄的决心。
桓玄听到朝廷将要对自己下手的消息，立刻先下手为强，派人切断长江航运，致使建康漕运断绝，物资无法供应，官军士兵不得不以谷皮、橡子面这些牲口的东西充饥。自古就没听说饿兵能打仗的，工农红军例外。桓玄够狠，这一个绝户计给司马元显的行动造成了严重困难。
东晋元兴元年（公元402年）一月，新年刚过，司马元显任命镇北将军刘牢之率北府兵为前锋都督，命令前将军、谯王司马尚之为后军，称诏举兵讨伐桓玄。
官军将要出发之际，桓玄堂兄桓石生时为太傅长史，及时送来了紧急秘密报告。桓玄原以为扬州一带闹饥荒，孙恩农民起义尚未剿灭，朝廷顾不上讨伐自己，正可稳坐钓鱼船积蓄力量，观察形势。突然接到桓石生的报告，得知司马元显兴师问罪，这是公开翻脸，心中不免恐惧起来，打算固守江陵，躲在城墙后面看一看再决定如何下注。（
武道丹尊）
长史卞范之看到了危险，对老板说：“公威名远扬，谋略震动天下，司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心。如果兵临京畿，恩威并施，则土崩瓦解之势信手拈来，哪有请敌入境而自己削弱自己的道理！”
桓玄听了以后一琢磨，觉得很有道理，出门砍人是主动行为，啥时动手主动权在自己手里，总比在家挨板砖划算。当即留下桓伟守住江陵老巢，上表朝廷谴责司马道子父子擅权，然后率打手沿江东下。大军迅速抵达寻阳，发布檄文，列举司马元显的种种罪行，达到批倒批臭的目的。檄文传到京都，震动内外，司马元显吓得不敢下令开船。
其实，江南战乱频仍，人民渴望太平生活，桓玄窝里反大失人心。这一点，他自己也明白，自觉以下犯上不占理，惟恐将士不为所用，经常在暗地里算小九九，一有风吹草动就准备溜之大吉。及至兵过寻阳，不见朝廷军队踪影，桓玄不禁大喜过望，暗暗感谢司马元显的八辈祖宗。桓玄的小弟们也个个精神振奋，大军横冲直闯，沿路如入无人之境。桓玄兵抵姑孰，击败谯王司马尚之的小弟，襄城太守司马休之弃城而逃。朝廷的军队一溃千里，唯有北府兵的战斗力没有受到挫伤，而这是桓玄最为惧怕的。当时，刘牢之率北府兵主力兵驻扎在冽洲，驻足观望，没有采取人和敌对措施。桓玄一看有门，于是遣使劝降。（
回到古代当将军）
刘牢之是一员虎将，很能打，淝水之战中厥功甚伟，堪称民族英雄。朝廷论功行赏，让他在谢玄死后掌管着朝廷精锐的北府兵。但这个人人品有问题，惯于见风使舵，哪头风硬就往哪头倒，谁给的钱多就拜谁为大哥。果然，刘牢之拒绝了刘裕和外甥何无忌的请战要求，接受了桓玄开出的价钱，“刘牢之遣子敬宣诣玄降。”
没有了北府兵在大道前挡道，桓玄挥兵直驱建康城外的新亭。司马元显的小弟不战自溃，弃船逃回京城，与其父司马道子在相府相对而泣，终被桓玄所擒。
桓玄进入京师，控制了中央政权，矫诏曰：“义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。”桓玄掌权后，“增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。”桓玄派头十足，已大有魏武王曹孟德的风范。
桓玄一朝权在手，开始报恩仇。奏请朝廷斩杀司马元显、谯王司马尚之、尚之之弟司马恢之、司马允之及庾楷父子等对头。朝廷现在就是橡皮图章，哪里有发言权，照准就是。桓玄下令流放司马道子到安成郡（治今江西安福横屋村一带），没等上路就赏了一杯毒酒。桓玄深知刘牢之这个人靠不住，明升暗降，任命为会稽内史，解除了兵权。同时，他又对桓氏族人大加封赏：以其兄桓伟为安西将军、荆州刺史；以堂兄桓谦为左仆射，加中军将军，掌管朝中用人权，以堂兄桓石生为前将军、江州刺史；以堂兄桓修为右将军、徐兖二州刺史。（
雷破乾坤）同时，又委命自己的小弟卞范之为建武将军、丹阳尹，任命自己的姐夫殷仲文为侍中。
与前代跋扈权臣一样，大事安排完毕，桓玄出镇姑孰，以示对权力没有非分之想。但实际上可不是如此，桓玄在姑熟遥控朝政，朝中大政皆要他点头后才可施行，“小事则决于桓谦、卞范之”。
桓玄当权之初，还能有所作为，政治颇有起色。他大力整肃朝纲，罢黜凡庸之辈，远奸佞之臣，选用贤才，时局有所好转，京城内一时掌声雷动。为了革除岭南贪污奢靡的弊政，他选派清官吴隐之出任广州刺史。吴隐之不负所托，以身作则，廉洁奉公，短期内使岭南风气为之一变。为此，他大加赞赏，称道吴隐之“处可欲之地，而能不改其操”，“革奢务啬，南域改观”，提拔吴隐之“为前将军，赐钱五十万，谷千斛。”桓玄看到了东晋朝廷长期积累的社会矛盾，试图革除豪强兼并，强弱相凌，百姓流离的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密互相矛盾而无法实行。针对晋末佛教开始盛行，伤政害民的弊端，桓玄提出僧尼还俗，打击寺院经济的主张，并亲自下达了淘汰僧尼的命令，除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他混饭吃的僧尼一律淘汰，还俗为民，回家种地交租子。桓玄在命令中说：
“佛所责无为，殷勤在于绝欲。而比者陵迟，遂失斯道。京师竞其奢淫，荣观纷于朝市。天府以之倾匮，名器为之秽黩。（
极品都市太子）避役踵于百里，逋逃盈于寺庙，乃至一县数千，猥成屯落。邑聚游食之群，境积不羁之众，其所以伤治害政，尘宰佛教，固已彼此俱敝，实污风轨矣！”
桓玄的举动符合时代发展潮流，顺民心，得民意，然而这一切不过是昙花一现。当上中央领导不久，桓玄的纨绔子弟的毛病复发，奢豪之态复萌，最要命的是他主意太多，一拍脑袋就是一个，手下的小弟搞宗派抱山头之风愈演愈烈。更有甚者，这小子把自己的婶娘弄到床上，当然是脱光了，生生把自己的名声搞得恶臭。或许是天怒人怨，这时，三吴发生大饥馑，饿殍遍地，户口减半，会稽郡人口只剩三、四成，临海、永嘉郡死亡殆尽，地主家都没有余粮了，很多有钱人身穿名牌，怀抱金玉，闭门相守饿死。
在这种情况下，桓玄还不深刻的反省，与人民共休息，反而加紧篡权的步伐。自古权臣立威，没有不杀大臣的，桓玄也没有脱离这个套路，首先大杀北府旧将以绝后患。吴兴太守高素、冠军将军孙无终等多人都被剁了。
刘牢之被调为会稽内史，当即大惊失色，自己叹息道：“开始就夺我兵权，大概要大祸临头了。”刘敬宣主张趁桓玄立足未稳，先发制人。当时，北府兵的主力驻扎在广陵，领兵的头儿是高雅之，是刘牢之的铁杆粉丝。但是，刘牢之最担心的是刘裕，他的态度能决定北府兵的斗志。于是，刘牢之找到自己原来的部下刘裕，试探说：“现在只能去广陵，在那里高举义旗，你能跟我一起去吗？”
刘裕内心认为刘牢之信用透支，成不了大事，这时看不清前途，明哲保身最为重要，于是断然拒绝：“将军以雄兵数万，投降桓玄，大失人心。（
总裁专属·宝贝，嫁我吧）现在桓玄得志，威震天下，民众拥戴。广陵之兵难道会为你火中取栗吗？我万念俱灰，无所要求，就想着回家安度余生。”
刘牢之的外甥何无忌也对前途悲观，问刘裕自己去向，刘裕说：“我看刘牢之肯定会失败，你可随我返回京口。从目前形势看，桓玄还得利用我们。若桓玄守晋臣之节，我就与你辅助他；否则，我就与你共谋消灭他。”何无忌认为很对，与刘裕同返京口。
刘裕离开后，刘牢之策划造反，召集旧部，商议以广陵为根据地，兴兵讨伐桓玄。他的老部下，参军刘袭气冲冲的说道：“将军以前反王恭，近日反司马元显，今日又反桓玄，一人三反，何以自立！”说罢，扭头就走，其余的人也是一哄而散。刘牢之无计可施，带着家丁北逃，想一想憋屈，一根绳子就把自己挂到了大树上。
在桓玄的屠刀之下，刘轨、刘敬宣等大佬级人物被迫北逃，分别投奔南燕和后秦。接着，威胁朝廷以平司马元显之功，封自己为豫章公，又以平殷仲堪、杨佺期之功，封桂阳郡公，然后改赐子侄。又让朝廷发诏避其父桓温讳，有姓名同者一律更改，赠其母马女士豫章公太夫人。
异己清除的差不多了，满朝都是自己的小弟，桓玄“讽朝廷”封自己为豫章公，食邑七千五百户。接着，他又自导自演，先上诏表示要“北伐姚兴”，让人民看到自己英武雄健的一面，但上战场砍人可不是闹着玩，万一打输了可就前功尽弃了，桓玄没那么傻。自己派人以朝命“下诏阻之。”世上最难塞的就是人民悠悠之口，特别是中国人向来是小道消息的专家，他的小把戏传的地球人都知道了，所有的人都知道他是骗子。
在姑孰遥控朝政期间，桓玄建造了数艘轻巧小船，遍载书画古玩奇物，黑天白夜有小弟看守。左右小弟很奇怪，书画古玩不在中堂挂着，放到小船上干什么！于是叩问老板请教。桓玄的回答让他们大跌眼镜：“兵荒马乱的，倘有意外，这些东西轻而易运。”小弟们闻之一笑，都知道这小子长不了，心里开始和桓玄离心离德。
东晋元兴二年（公元403年）九月，桓玄大哥桓伟病卒，桓玄失去了有力的强援，想到以堂兄桓修代领荆州刺史一职，为其属下所阻，说：“桓谦、桓修兄弟专据内外，权势太重，小心大权旁落。”于是，桓玄就以堂兄桓石康为荆州刺史。
一切准备就绪，桓玄加快了篡晋的步伐。其左右亲信卞范之、殷仲文等人都暗劝他早受晋禅，时间长了，夜长梦多，私下已经把九锡文和册命准备妥当。十月，东晋朝廷以桓玄为相国，总百揆，封十郡，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官。
新野江湖老大庾仄是殷仲堪的小弟，殷仲堪兵败后赋闲在家，听说桓玄受九锡，知道这小子要分裂党，自绝于人民。于是，趁桓伟刚刚死亡，桓石康还没上任的机会，乃起义兵，南蛮参军庾彬、安西参军杨道护、江安令邓襄子谋为内应。
庾仄突袭桓玄的小弟冯该于襄阳，冯该受到突然的打击，一败涂地，逃了。庾仄的军队扩大到七千之众，于城南设坛，祭拜晋朝祖宗七庙，江陵震动。
桓温的孙子桓亮以讨庾仄为名起兵于罗县，自号平南将军、湘州刺史，实际上就是打算自己当领导。南蛮校尉羊僧寿与桓石康共攻襄阳，庾仄军队抵抗失利，军队溃散，无奈之下投奔了后秦老板姚兴，庾彬等人跑得慢被俘遇害。长沙相陶延寿以桓亮乘乱起兵，图谋不轨，派兵攻击，把他给抓了。桓玄把桓亮流放到衡阳，剁了其同谋桓奥等人。
桓玄已经控制了朝政，为了制造民意，假惺惺的“上表求归藩”，同时，他又派人指使缺心眼的安帝遣使宣旨，“手诏留之”。桓玄还觉得表演不充分，再一次上表固请，然后又安排小弟暗地里下手，让傻老板“手诏固留焉。”
这蛋扯的，谁都知道老板缺心眼，桓玄偏偏找了这么一个对手，欺负傻子，也不怕天下人笑话。
为了证明自己天命所归，桓玄还到处使人散布钱塘临平湖开、江州甘露降这样的祥瑞，宣示自己登帝位的吉兆。因为实在找不出更多的祥瑞，桓玄暗中指使人山寨，估计中国人撒谎成性就是那时开的头。诡称钱塘江边的临平湖多年淤塞，现已湖开水清。又称江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加庆贺。历代都有隐士，偏偏此时没有，桓玄觉得特没面子，赶紧派人找来了西晋著名隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，先让希之隐居山林，提供各种费用，再征为著作郎，然后又指使希之故意推辞不接受，称之为高士。时人觉得很可笑，戏称这种隐士为“充隐”，着实娱乐了全国人民一把。
和王莽如出一辙，桓玄又想在国内废止铜钱流通，而用谷帛作交换单位，“制作纷纭，志无一定，变更回复。”这是逆历史潮流而动，最终一件事也没办成。桓玄是文人出身，喜好古人书法、图书、名宅腴田，只要听说别人有他喜欢的东西，一定把这个倒霉蛋请到府中，跟人家掷骰子。试想，和老板赌博，谁敢不输啊，桓玄自然是百战百胜。桓玄“尤喜珠玉，未尝离手”，数世贵公子，竟然和暴发户一样，天天一把名贵首饰握在手心，睡觉都要搂着。
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