杨坚的诏书针对的是全国，但治理的重点显然是江南地区。如果说北方地区是在家养了多年的儿子，那江南就是刚刚领进门的干儿子。当然，在杨坚看来，江南地区这个干儿子更像是从少失散在外的亲生子，被别人抚养了很多年，经过一番波折后如今回归了。
儿子本就是自家人，干儿子也罢，失散的亲生子也好，却在前不久还是别人家的孩子，生活习惯、行事风格等与自家截然不同，自然要对他多花些功夫。
杨坚对待江南地区这个新“儿子”，确切地说，只用了一套办法，那就是完全按照儿子的模样来改造他。
杨坚总共出了三招。
第一招，推行废郡改革。
在北方地区，这事儿早在开皇三年（583）已经做过了，而且颇有成效。如今，干儿子刚入家门，正是大刀阔斧进行改革的大好时机。开皇九年（589）正月二十九日，韩擒虎攻克建康城不足十天，大兴城刚刚得知此消息后不久，杨坚便立刻派出第一批使者巡抚江南，他们的足迹几乎遍及江南。其中，左领军长史、长孙晟的叔父长孙炽更是身负地方制度改革重任，他持节巡视东南道三十六州，废置州郡，巡省风俗。统一战争结束以后，江南地区的郡基本全部废除，同时还合并了一些州县，调整了一些地方的区划，增设了部分州县。
这一招在北方时取得成功，但这次在江南，却多少带来了一些问题。江南地区门阀士族利益盘根错节，行政区划大规模调整后，他们的利益受到严重打击，老百姓一时半会儿也适应不了，这给了别有用心之人可乘之机。
第二招，南方地方长官基本上全部换做北方人。
陈灭亡以后，南朝上层官员要么被押往大兴，要么被废黜在家，更有被砍了脑袋的，极少有留任之人，在江南地区使用的多为来自北方的“南下干部”。杨坚的想法很明确，南陈在原有的官员手中给治理得灭亡了，他们自然是不称职的，自然是被南陈百姓唾弃的，而“南下干部”早已在北方地区证明了实力，能力上不存在问题，也一定会受到江南百姓热烈欢迎。
这些“南下干部”中，代表人物有荆州总管王世积、江州总管韦洸、洪州总管杜彦、吴州总管杨异、蒋州刺史韩洪、苏州刺史皇甫绩、宣州刺史席世雅、常州刺史杨初和杭州刺史马敬等。
杨坚派来的“南下干部”确实都很出色，他的判断也基本无误，但却存在一个与废郡一样的小问题，那就是这种人事安排与废郡一样，都是征服式的，极易引起某种反弹。
第三招，灌输北方统治者的意识形态。
这招儿征服的意味更加浓烈。杨坚在北方地区大力倡导孝治，大搞精神文明建设，提出了“父义、母慈、兄友、弟恭、子孝”的五教，还让苏威将其具体化，也就是编些体现五教内容的杨坚语录，责令全国老百姓背诵。
这事儿本来不算太坏，至多也就是教人背些东西，在那个文盲率颇高的年代，让老百姓都能流利地背点儿非常像样的东西，实际上也没什么大不了的，还多少有些普及知识的意思。但五教的核心思想是体现中央集权，动摇了江南世族的利益，与江南世族的意识形态又形成了直接冲突。而且江南地区文化人挺多，平时素以文化正统自居，如今让他们背诵苏威编出的这么个东西，很多人完全接受不了，认为这根本就是烦鄙之辞，自己一文化人背这些东西，太伤自尊了。
杨坚出的三招看似招招有用，却又各有隐患。这些隐患虽未到爆发之时，但毕竟如炸药般风险极大，如果一旦有合适的引信，便要大爆特爆了。
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