最后自来也与纲手在办公室与鸣人聊天打屁了一会就离开了，而鸣人自己在办公室等待着结果。（
网游之傲视群雄）很快的追击的人就回来了。基本与原来一样，不过有卡卡西和暗部的忍者暗中照拂，小强们并不像原来伤的那么重。另外君麻吕已经不在了，最后大蛇丸居然派了药师兜出来接应，在小樱和李与兜战斗了一段时间之后，卡卡西就现身出来了。兜那个狐狸自然也不会再继续不讨好，于是就闪身离开了。佐助的追缉行动也到此为止了。至于团藏秘密派出的暗部，则是一早就被卡卡西他们拦了下来。最后由水户和小春出面，团藏也只能咬着牙将他们抽调出来，另外又补派了一些人出去执行常规任务去了。
鸣人则是坐在办公桌后面听着卡卡西汇报这次行动的经过，在卡卡西离开之后，鸣人也去了医院探望了了一下受伤的小强们。自此为止，在鸣人的记忆里前期的大事件基本都已经结束了。接下来是三年的潜伏期，直到最后晓开始站到舞台前为止。当然期间还是会有不少的插曲。
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时间匆匆过，转眼间自鸣人担任火影一来已经过去了两年。（
美女局长的贴身高手）期间木叶的一切工作都在平稳的进行着，自上次中忍考试以来所受的损失，总算是慢慢的恢复了过来。在这两年的时间又有许多优秀的忍者开始展露头角，忍者学校也有新的血液加入。而中忍考试也已经又举办了四届，众小强也全员晋升中忍了，尤其是宁次,只要在积攒一段时间的经验就可以晋升上忍了。这两年中，砂隐那边，手鞠和勘九郎已经是上忍了。而去年的这个时候，鸣人已经参加过我爱罗就职风影的庆祝仪式了，顺便又与砂隐重新签订了同盟协定。
在这两年间，鸣人在木叶已经有了不小的威望。期间团藏倒还是不死心搞了几次小动作，不过在被鸣人狠狠的打击了之后，就老实的多了。尤其是最后一次，鸣人发现团藏居然在暗中搜罗火影直属暗部的资料，那一次鸣人真的是怒不可遏，直接一个人打到了根部。那一次如果不是水户和小春来的及时恐怕团藏的性命都难保。等到水户和小春赶到的时候，团藏右手的写轮眼已经闭上了四只，右眼的止水的眼睛也已经被鸣人挖了出来。（
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团藏的伊耶那歧之术确实很是麻烦，但是鸣人的感知力却是可以轻易的感知到团藏施术的间隙，而以鸣人那鬼魅的速度，在这施术的间隙足够鸣人发动好几次攻击了。最后在损失了三只血轮眼之后，团藏开始准备使用止水的眼睛，不过却在准备发动瞳术的那一瞬间，被鸣人直接将止水的眼睛挖了出来。而后鸣人看准了团藏伊耶那歧马上就要做好下一次发动准备的时候，再一次给予了团藏致命的伤害。这么一来，团藏为了保命，不得不发动伊耶那歧之术，而这么一来也永远失去了夺回止水眼睛的可能。毕竟止水的眼睛能力实在太过b，这一次团藏就是靠着别天神之术才操纵了鸣人直属暗部中的一人，这才弄到了暗部的资料。这种大杀器，就算鸣人自己不怕，也绝对不能再将它留在团藏手中。
就在鸣人准备继续发动攻击的时候，水户和小春匆忙赶到，阻止了鸣人的行为，并且一再的为团藏做保证，最后鸣人还是放弃了行动。毕竟现在在根部之中，团藏的影响力确实是无人能比，而且团藏对根部的残忍的控制手段，也决定了鸣人就算想要控制根部，恐怕在相当长的一段时间内也无法做到。（
美女局长的贴身高手）而且很容易会引起骚乱。最后鸣人再经过了一番思考之后，又狠狠的警告了一下团藏，这才平息了这次事件。而经过这次的打击以后，团藏也不得不老实了许多。另外，鸣人在警告了团藏一番之后，还顺带打劫了团藏的库存，在给团藏留下了补足右手和右眼的写轮眼之后，将团藏保存的其他的写轮眼还有培育的初代的细胞全部封印带走。
而后鸣人就借着这个机会研究了一下写轮眼和初代的细胞。鸣人首先研究了初代的细胞。跟鸣人当初想象的差不多，初代的细胞活性的确是强的超出想象，鸣人一直以为自己的细胞活性就算比起初代也差不了多少，可是在观察了初代的细胞之后，才发现自己还是太自大了。哪怕是鸣人现在的细胞活性，比起初代还是差了一筹。不过这也不是什么难以接受的，鸣人在当初拿到纲手赠送的项链的时候就有了心理准备。毕竟鸣人自己的查克拉可是做不到像初代那样，能够直接凝聚实体化成结晶的程度。“看来自己与千手柱间还有宇智波斑之间仍然有着不小的差距啊。”鸣人在心里感叹着，终于收起了最后的一点自大和傲慢，开始重新审视自己。
最后鸣人决定在自己的身上移植初代的细胞。（
地下秘藏）虽然初代的细胞活性要比自己强出很多，但是终归只是离体的组织细胞，没有了主动意识。如果面对的是初代本人，鸣人只能是老实的退却，但是如果只是一些离体的细胞，那么鸣人有绝对的信心。最终，初代的细胞在经过开始的对鸣人的身体的抵抗和侵蚀之后，就被鸣人的细胞完全的吞噬掉了。鸣人的身体在吞噬了初代的细胞之后，也开始了新一轮的进化，随着新一轮的炼脏换血，鸣人的整体又向更高的层次前进了一步。
并且在吞噬了初代的细胞之后，鸣人终于可以使出木遁了。原本鸣人成为火影之后，也特别的研究过木遁，并且也找大和探讨过。不过大和本人也对自己的木遁一知半解的，所以鸣人也只能自己摸索了。不过无论鸣人怎么实验，都无法使出木遁。本来照鸣人自己的预测，自己有着水，土查克拉属性，细胞活性也足够强，使用木遁应该是水到渠成的才对，可是事实却是刚好相反。现在在吞噬了初代的细胞之后，鸣人才发现木遁根本不是自己想象的那么简单，这个木遁忍术恐怕是和神树有关系吧。在掌握了木遁之后鸣人就隐约有着这样的感觉，不过鸣人本身的力量层次还远远达不到那个水平，最后实在是想不明白也只能不去浪费脑细胞了，反正以后随着力量的提升早晚会明白的。（
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除此之外，在鸣人吞噬了初代的细胞之后，终于也清晰的感觉到了，在自己的体内，或者说灵魂之中，阿修罗的存在。自己这一次的提升如此的顺利，恐怕也是有着阿修罗的功劳在里面。说实话，鸣人对于自己体内有着另一个灵魂的存在是十分的反感的，总会让人有一种自己不是自己了的感觉。不过在鸣人仔细的感知了一番之后，才发现这个阿修罗好像只剩下了本能的意识，而这个也根本算不上是灵魂。经过鸣人的初步判断之后，断定这恐怕是一种类似心灵之光的存在。
这下鸣人不由得再一次为前人的成就而惊叹。虽然有着后世转生者的灌溉和浇筑，但是这心灵之光的主人也是需要何等的力量层次和坚定的意志，才能够让自己的心灵之光历经沧桑而不泯灭。同时鸣人对于传说中的六道仙人更是期待了，能够历经沧桑而保持自我意识和力量，这是一种什么境界，恐怕已经远远超过了四阶中级，早就已经达到了四阶高级的程度了吧。在察觉到了阿修罗在自己体内的恐怕是类似心灵之光的存在后，鸣人也是放下了心，这东西对自己百利而无一害。而且哪怕是自己有想法，以自己如今才三阶的境界也是拿它毫无办法。
至于写轮眼的研究，鸣人也确定了写轮眼心灵写照之瞳的称号，确定了写轮眼确实是依靠心灵之力进化的。而万花筒写轮眼各不相同的能力，恐怕也是每个人不同的心灵之力的体现。至于万花筒写轮眼会逐渐失明，恐怕也是因为身体无法及时修复眼睛的损耗，没有办法及时补充瞳力的缘故。在远远达不到四阶的境界，甚至是连门槛都没摸到的时候，就已经初步的体现出了每个人不同的心灵之光，仙人之眼确实是有着自己的独到之处。鸣人已经不会再小看这个世界了，这个世界虽然没有像前世那样系统的修炼体系，但是这个世界显然也有着自己独特的发展方向。
最后鸣人还是没有移植写轮眼。如果鸣人移植了写轮眼恐怕会直接进化到永恒万花筒的层次吧，毕竟鸣人的心灵之力何等强大，虽然只是有个心灵之光的种子，没有具体的表现。但是相比那些宇智波的忍者开启万花筒的时候还是要强的太多。不过鸣人并不想这么做。因为一旦开启了万花筒，就代表着初步确定了自己心灵之光的方向。鸣人现在还是三阶境界，未来的发展显然还是有着广阔的天地，鸣人可不想用这种揠苗助长的行为提前圈定了自己的发展道路。
最终鸣人还是决定按照原来的计划进行提升和修炼。吞噬了初代的细胞之后，虽然鸣人的整个层次又向上进化了，但是本身的实力却是提升不大，只是原有的忍术威力有了一定提升，而且还学会了木遁。但是在鸣人这个层次上这样的提升根本不算什么。于是在这一次的进化之后，鸣人原本就已经十分缓慢了的提升，算是彻底的进入了一个瓶颈。不过鸣人对此并不感到失落，只是继续提升着自己对已有力量的掌握。。 毕竟瓶颈下的每一点提升都算是基础更进一步牢固的表现，在将来突破之后也会带来难以想象的回报。
在解决了团藏的问题之后，又在研究和修炼方面取得了巨大的成果。鸣人那段时间可是心花怒放，见了谁都笑呵呵的，一度让小樱和雏田认为鸣人是不是劳累过度以至于精神都有了恍惚。经过了鸣人好一番解释，小樱和雏田才明白了怎么回事，少不得又是给了鸣人一顿白眼，虽然雏田本身的眼睛就是白的。而那个时候，鸣人，小樱还有雏田之间，也早就正式确定了关系。大家都是明眼人，对于三人之间的关系也都是心知肚明。哪怕是日足也没有去干涉鸣人和雏田的关系，只是淡淡的对鸣人说，既然雏田自己决定了，那他们年轻人的事就让他们年轻人自己决定好了。当然也不忘了威胁一下鸣人，不要辜负了雏田。而小樱那对粗线条的父母则是完全不在乎女儿的三人恋情，只是说女儿愿意就好，当然也单独的和鸣人谈过话，哪怕是再粗线条的父母也不可能忽视了自己的孩子。于是从那之后，鸣人，小樱和雏田更是除了任务和工作之外成天黏在一起了。如果不是三人都还未成年，恐怕早就已经结婚在一起了。
从那次暗部泄密事件之后，木叶内部算是彻底的稳定了下来，直到这两年结束为止，木叶一直都处于一个飞速发展的阶段。而整个忍界，虽然暗地里暗流汹涌，但是表面上依然是一片风平浪静。时间就这么慢慢的流淌着。
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