被迅速的大量制造，很快的并投入的各个战场，用于病毒不会对联盟的宇宙生命造成破坏，所以联盟便疯狂的使用病毒。很快的内部开始出现传染病，由于的进化和传播速度都超过了，所以还没有完全进化，病毒就已经超越它们，完成了进化并继续消灭虫族。
就在以为胜利在望的时候，突然他们中间开始出现一种疾病，经过研究他们发现。虽然虫族无法抵抗，但他们利用病毒的特性，开始进化一种针对联盟的病毒虫。只要被病毒虫咬一口就会被立刻传染，知道此事后，也极为惊讶。
经过长时间的研究，他们研发出了解药，但需要的特殊基因为基础，制作纳米机器人注射到人体来对抗病毒。于是二帝没有拒绝，将自己的基因交给了。解药大量的被制造出来并很快的抑制了病毒，但与此同时一个副作用出现了，那就是解药是由将军的基因为基础制造的，必然会给使用者带来一定的基因转变。
人们开始逐渐拥有了和的特性，战斗能力和学习能力得到了质的突破。本来这一切都是好事，因为人们不知不觉的开始了一次进化，但人心里有一种叫做。他们根本不会止步于此，于是便开始有了祸心，想囚禁两位将军用他们的身体继续做进化实验。
于是在还没有完全消灭的时候，发动了一次政变，将两位将军抓住并囚禁在一个专门的实验室里。联盟在他们身上做了很多惨无人道的实验，甚至有几次差点让两位将军死掉。但由于科技有限，无法完全掌握的特性，所以实验进入了一个瓶颈期。
与此同时，发现了两位将军不在领导联盟，于是便加大了攻势，开始准备反攻联盟。而此时的联盟早已经外强中干，表面很强大其实里面已经分崩离析。联盟里有些人开始意识到，没有两位将军的领导，他们是无法战胜。所以第二次政变开始了，他们消灭的那些联盟内贪婪的势力，并将两位将军放出来，希望他们能够继续主持大局。
可是两位将军已经不是当年的将军，他们元气大伤，而且已经快油尽灯枯了。两位将军思考了一下，决定牺牲自己，将自己剩余的能量转化为几扇大门，将这些虫洞彻底封闭，等到以后来开启他们。由于虫洞关闭，失去了后援和指
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