凤凰挽歌：凤凰之力再次降临地球，试图把琴复活，斯科特带队努力控制局势。梨树文学网 wega级的强大实力，教授被迫出面说明真相，斯科特得知自己被老师洗脑后，愤怒地与其决裂。伏尔坎在地球失利后转向宇宙，去希阿向皇帝德肯报杀母之仇。他发现德肯已经昏迷多年后，治好了他，与其妹死亡鸟一起帮助他重登宝座，并与死亡鸟结婚，成为皇室一员，但他随后就杀了德肯，自立为帝，得到了死亡鸟和皇家卫队的承认；X教授和Havok等赶来帮助利兰德拉夺回皇位，但未能战胜伏尔坎，教授被俘虏并扔进M’kraan水晶等死，但他反而恢复了心灵感应能力；克里斯托弗带阻星者参战，却被儿子杀害，Havok决心继承父亲，留在宇宙继续作战。
X教授被强制送回地球，斯科特得知父亲和弟弟的遭遇，继续对他满怀怨气。在此期间，金刚狼恢复了一生的记忆，开始寻找仇人，并把能够杀死自己的武士刀“村正妖刀”托付给斯科特；暴风女和非洲瓦干达国王黑豹结婚，留在故乡大陆；美国ZF通过了超人类注册法案，引发了广大超级英雄的强烈反应，钢铁侠和美国队长分别支持和反对此举，展开了激烈对立，形成一场内战，而X战警不愿介入，宣布中立。198的变种人逃离学校，斯科特被军方走卒操纵思想，带队追捕，但最终还是救了他们。
内战以钢铁侠一方的胜利告终，但很快，当初被他带领光照会流放到宇宙的绿巨人浩克回来报仇，在纽约大闹一场；由于X教授也是光照会成员，浩克袭击了学校意欲抓捕他（虽然他对流放之事不知情），斯科特等人都不是对手，最后浩克看到了变种人的艰难生存状况后放弃了计划。
依靠斯科特的策略，X战警在破坏星险胜对手，钢力士证明了自己的清白，但凯蒂为了阻止射向地球的飞弹而与其一起消失在太空中。
惊恶先生再次现身，与万磁王从前的副手Exudos联合，聚集了各自麾下反派组织掠夺者和信徒的势力，四处抢夺记录未来信息的资料并杀死有预知能力的人和时间旅行者，以掌握变种人复兴的机会；电索成为他们的目标，在一场爆炸中失踪；M日后第一个具有变种基因的婴儿终于诞生，X战警与惊恶先生一伙和净化者展开争夺，斯科特还秘密授意金刚狼组建手段残酷的新X特攻队，而X战警成员Bishop却认为自己的未来被这个所谓救世主所祸害，试图背叛X战警杀死婴儿。最后斯科特让电索把婴儿带走抚养。
战斗期间，学校再次遭到严重破坏，这次大家都失去了重建的热情，任其荒芜。X战警成员各回各家，无形中解散。剩余的学生们作为当时最后一代变种人，有部分刚成为正式X战警，但此时也失去了目标。地狱火俱乐部旧敌唐纳德·皮尔斯冒充斯科特召集一批学生组成“少年X战警”，攻击自己的老对手，原新变种人的队员。
斯科特和爱玛去了南极地下的蛮荒之地度假，随后接到求援，前往旧金山帮助遇险的其他队友，并解救了市长。之后他们决定把X战警的总部转移到这座相对宽容的城市。X教授的宿敌影王操纵了斯科特和黑豹，试图引导他们的组织走向毁灭，暴风及时把两人打醒。斯科特得知Bishop为了消灭那个女孩而不惜在时空中大开杀戒，下定决心要除掉他，为此不顾金刚狼反对把他的X特攻队强制送往未来支援链索，但由于Stryfe等因素干扰而未能实现目标。金刚狼的儿子戴肯彰宏与父亲为敌，设计夺走了村正刀，嵌入自己的骨爪。斯科特把X特攻队等机密信息埋藏在自己脑海中，让爱玛也探测不到。
斯克鲁尔人的秘密入侵发动，地球的英雄和反派都奋力迎战，X战警也在西海岸作战，斯科特指挥野兽动用Legacy病毒威慑对方；玛德琳·普莱欧再次出现，以地狱火俱乐部红皇后的身份偷袭X战警，试图夺取凤凰之力；此后，被ZF招募的绿魔奥斯本窃取了国家安全权力，建立起“黑暗王朝”统治，召集一些黑道和灰道人物合作。爱玛也在被邀之列，奥斯本希望她和一部分变种人投靠过来，帮助自己消灭X战警；但是斯科特已经料到此举，与爱玛互相坦白了自己的隐秘，让她扮演了双重角色，最终击退奥斯本，把当时的绝大部分变种人疏散到太平洋上由万磁王的小行星M改造的人工岛“乌托邦”，独立于世。X教授附和他的主张，恢复能力的万磁王也主动投靠，斯科特俨然成为全体变种人的最高领袖。
然而乌托邦的根基并不稳固，最终难免沉没，斯科特面对着更加严峻的形势：被奥斯本怂恿的人类反对者谴责他们是恐怖分子训练营；古老的变种人塞琳娜用机械病毒使大批死亡变种人诈尸；“弥赛亚再临”中，链索终于带着长大的女孩霍普（Hope，意为希望）回来，但棱堡指挥下的全体反变种人分子兵力齐出，与X战警展开了大战，夜行者等数人阵亡，棱堡本人以进化的哨兵机器人真身出现在旧金山，导致链索牺牲，直到霍普展现出不可思议的强大力量一举摧毁棱堡，变种人才逃过一劫，此后脑波搜索机上终于出现了久违的新生变种人波动，斯科特在哀悼儿子的同时，也感叹自己的豪赌终于有了成果。他的一些残酷措施也引起了一些队友（如野兽）的反感，于是他让金刚狼解散X特攻队，但是后者暗中重组了队伍。
霍普把这几位新的少年变种人带到岛上，成为他们的领队；吸血鬼德古拉的儿子杀父篡权，随后把目标对准了乌托邦，斯科特设法复活德古拉，与他达成交易，助他复位后退兵；X战警核心队伍继
续在旧金山地区从事英雄工作，争取世人好感，但当人们面临恐慌时，仍然把变种人视为祸端；一组十分神秘而强大的“进化者”出现在乌托邦，唤醒了斯科特教授和万磁王的旧日记忆：X战警与兄弟会初战不久，进化者提出帮助他们从人类手中夺取统治权，就像他们曾经帮助现代人类战胜竞争的原始人，但由于变种人意见不统一，他们抹去了这部分记忆，一直等到变种人有了公认领袖的如今，才再次提出消灭人类的计划，但斯科特还是拒绝了他们。
教授的儿子大群产生了一个新的人格，修改现实制造出一个新世界（AgeofX），这里的人类与变种人之间已经开始全面战争，万磁王带领变种人退守一座要塞。斯科特早年被人类极端分子抓获，割去眼皮戴上面具，把他作为处决其他变种人的工具，他杀出一条血路逃到同类身边，在要塞与强壮的女战友JoannaCargill互生好感。当现实被修正后，两人回忆这段情史，陷入了尴尬境地。在全球大乱的“恐惧之源”事件中，宿敌Juggernaut被恐惧之神强化后进攻旧金山，连胜X战警四十余阵，斯科特授意钢力士找到Juggernaut的旧主--邪神Cytorrak取得神力，制止了对手，却也把钢力士推向了不可知的黑暗面。
在斯科特一行为变种人争取认可的关键时刻，仍然有变种人恐怖分子制造混乱，世界各国都开始部署哨兵部队，令X战警沮丧而气愤。在新一代的地狱火俱乐部策划下，乌托邦再次遭到了攻击，虽然打退敌人，金刚狼再也不能容忍他把孩子置于战场的做法，两人激烈争斗一番后，决定分道扬镳。大部分年轻的变种人跟随金刚狼回到了荒废已久的泽维尔学校（这个队伍又称“金队”），而爱玛暴风女万磁王霍普海王内摩钢力士兄妹等则继续跟斯科特一起留在乌托邦（这个队伍正式名称是“濒危战队”，又称“蓝队”）。
凤凰之力突然出现在太空中，一路向地球逼近。镭射眼认定这是变种人重新繁盛的机会，但复仇者担心这会造成地球毁灭，双方争夺疑似凤凰宿主的霍普，爆发了前所未有的大战。在月球的对抗中，凤凰之力抵达，最后却没有附体霍普，而是分布到了镭射眼爱玛内摩钢力士兄妹身上，五人成为神一般的存在，致力于将地球置于自己保护之下建立理想世界，同时追捕顽抗的复仇者。霍普被复仇者带走，逃到黑豹的国家，内摩追击复仇者并杀害无数无辜百姓，内摩最终在猩红女巫力量下失去凤凰之力，复仇者们带着霍普逃到铁拳侠习武之地中国昆仑。
同时，X战警众人慢慢觉得镭射眼为首的凤凰五使的做法有误，纷纷背叛镭射眼等五人。钢力士兄妹亦因蜘蛛侠的离间而自相残杀而失去凤凰之力。拥有最后凤凰之力的镭射眼和爱玛大战复仇者和其他X战警，镭射眼杀死X教授，并偷袭爱玛夺取其凤凰之力，最终镭射眼成为真凤凰。凤凰镭射眼最后在霍普和猩红女巫及其他人苦战下战败，凤凰之力亦因霍普和猩红女巫而消失，同时变种人也频繁出现。
镭射眼被捕入狱，其他四位凤凰使者和万磁王等遭通缉。
镭射眼被囚禁在了一所普通的人类监狱中，并被安上了能力抑制装置。在监狱中，他和一个新的变种人，也是一个小混混的名叫杰克的人成为了朋友。虽然镭射眼出于政治原因本打算一直坐牢，但他在杰克被变种人仇恨者所杀后要求万磁王将他救出。万磁王，危境与秘客将监狱摧毁并将镭射眼释放，为了给杰克复仇，他们让秘客将那些杀死杰克的犯人送到地狱边境，并把那位计划从变种人的痛苦中牟利的典狱长毁容。之后危境宣布她将走自己的道路，而镭射眼，秘客与万磁王则决心继续保护变种人同时拯救这个仇恨而畏惧他们的世界。
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